Как полностью убрать расчет НДС в Комплексной автоматизации? То есть, если организация не является поательщиком НДС или не хочет вести учет НДС.

как вариант, указать что она на УСН :)
а вообще во всех документах убирать "учитывать НДС"

(1) Ок. Сейчас переведу на УСН и перепроведу доки. Авось получится ;)