Проверяй состояние справочников по наименованиям и запрещённым к переносу символам. Остатки могли попутаться и из-за искажения наименований при переносе: При переносе справочников переносится одно, а при переносе остатков цыфры пытается переносить по другим комбинациям символов. Мы делали перенос по IDD, доп реквизиту, писали полностью свои процедуры переноса. Перенесли всё 1:1 все 100%