Сканер ШК и считыватель магнитных карт подключены по USB.
Драйвер АТОЛ, порт Клавиатура у обоих.
Открываем ЧекККМ, щелкаем пару раз по штрих-коду сканером - номенклатура успешно подбирается.
Щелкаем третий - сообщение "карта с таким ШК не найдена".

Анализ проблемы через отладчик показал, что в обработку ВнешниеСобытие, при первых двух считываниях сканером ШК, передается событие BarCodeValue. Затем драйвер "глючит" и последующие щелчки сканером ШК порождают событие MagneticStripeCardValue...
Тоже самое происходит, если считать карту через считыватель, а затем щелкнуть сканером ШК.

На вкладке драйвера в параметрах 1с при этом встает устройство "считыватель магнитных карт". Если указать "сканер штрих кодов", то еще хватит на два щелчка сканером и затем опять переключится на "считыватель магнитных карт".

Как решают данную проблему? (без эмуляции COM)

(0) Какой сканер ШК и ридер магнитных карт

Вариант 1. Подключить какое-нибудь устройство через эмулятор COM

Вариант 2. Прописать устройствам разные суффиксы.

(2) Скорее прописать разные префиксы, так как система при одинаковых префиксах просто путает устройства.
Прописать через виртуальный COM желательно также оба устройства - проблем будет намного меньше.