если я правильно понял, то в процессе настройки отчета в Конфигураторе нельзя увидить поля доп. характеристик. а применить их можно только после запуска отчета. это потому что сначало должен выполниться запрос, извлекающий характеристики из бд
Данные получаются запросом? На закладке Характеристики конструктора запроса можно настроить - для пользователя будут выводиться как реквизиты справочника.