Почему в УПП при вводе документа реализация товаров и услуг на основании
счета на оплату не строится структура подчиненности?

ап

Потому что этот ввод на основании помогает только заполнить реализацию, и не сохраняются ссылки друг на друга.
Этот ответ ведь на поверхности лежит.

(0) проверь состав соответствующего критерия отбора

А ссылка на счет в реквезите Сделка сохраняется? и еще проверь критерий отбора, наверно СвязанныеДокументы

Имхо, связанные и подчиненные - это разные понятия. Как бы :)

Счет заполнятеся только для договоров  с расчетами "по счетам"

(5) Не знаю как у вас, а у меня в УПП структура подчиненности строится по критерию отбора СвязанныеДокументы

Поток слов слабо связан. Ты скажи простыми словами - что сделал, чего ждал, что получил.