При переходе с 1.6 на 2.0 были перенесены документы расчетов с контрагентами, так что несколько документов в 2.0 собраны в один. Сейчас бухгалтерия формирует сф по ним и отчеты по ним. Период - 11 год.
Подскажите, пожалуйста, как сформировать несколько различных сф по таким дркументам.

обычно формирует один СФ на несколько доков

Тут получается наоборот. Один док и несколько СФ.

(2)пример приведи

что отгружали

Два документа ПТУ по одному контрагенту при переносе данных были объединены в 1 ручной документ расчетов с контрагентами.
Теперь для отчета требуются оба сф.

Услуги РЖД

(4) удали один документ расчёта и создай два документа поступления

(5) Ничего что это 2011 год?

ничего