Допустим взял у клиента конфигурацию(не типовую). Обновил её. Сохранил .cf.

Как мне её правильнее и грамотнее подгрузить в рабочую базу клиента?
1. Конфигурация -> Загрузить конфигурацию
2. Конфигурация -> Сравнить-объединить с конфигурацией из файла.

Главное копию не делай.