При выгрузке объекта по ссылке (например, реквзиты справочника, документа), в файл попадают только поля поиска + ГУИД (если он исп-ся).

Тема аналогичная v8: КД Объекты по ссылке не выгружаются , однако, у меня прописаны ПКО для интересных мне полей. Кроме того, заметил, такое поведение не только при выгрузке из УНФ, а и из довольно свежей БП (2.0.37, 2.0.38).
Если грузить через УнивесальныйОбменXML, то, как водится, все ОК.

Может кто-то сталкивался с подобным поведением и решал возникшую проблему?

Саму обработку пока не ковырял и не хотелось бы.

В общем, дело в том, что выгрузка написана именно под обмен ссылками вместо свойств. Начинается все от реквизита НеВыгружатьОбъектыПоСсылкам обработки КонвертацияОбъектовИнформационныхБаз, который сразу выставляется в Истину.

Затем при вызове функций выгрузки групп свойств объектов в методы передается параметр, например, ВыгрузитьТолькоСсылку, который также жестко выставляется в Истину.  

Так что если в ПКС и ПКГС прописывать
ВыгрузитьТолькоСсылку = Ложь, то все будет Ок. Однако это гемор - писать нужно для каждого свойства ссылочного типа.

Либо как вариант - допиливать саму обработку.