В запросе отбирается номенклатура. В справочнике много родителей и под родителей. Мне нужно в запросе проверять значение самого верхнего родителя, причем он может быть а может и не быть. Подскажите как это можно реализовать ?

В ИРЕРАРХИИ

Только иерархия

А если так :
Номенклатура.Родитель.Родитель.Наименование <> &Родитель