В файл писать?

посмотри как в типовых сделано

для толстого клиента можно так:
СохранитьЗначение(<Имя>, <Значение>)
ВосстановитьЗначение(<Имя>)

(1) А где в типовых такое вообще может быть?
(2)Это в пределах базы..

В реестр еще можно.
В специальную базу, по COMу.

Ап

Ну что ап..Тебе уже все сказали. В типовых используется либо РГ, либо справочник.

самое правильное и надежно - распечатывать перфокарты с настройками и хранить и в сейфе.
выдавать под роспись.
по получению обратно сверять количество дырок с исходным во избежание...

(6) Что сказали то?
Нужно чтобы при запуске обработки, независимо от базы, восстанавливались сохранённые настройки. Хранить в третьей базе и подключаться через COM... Не лучшая идея

(8) Ну ты же понимаешь, что где-то их хранить по-любому нужно, не в астрале же. Выбирай, есть из чего выбрать.

Я бы выбрал файл, как в консоли запросов/отчетов.

если внешняя то хранить в файле рядом с обработкой

(7) и написать учетную конфу.