Открываю из реквизита формы,настроил отбор на нужные мне элементы, а там кроме нужных мне, еще куча папок, как их убрать из отбора?

Не выводить иерархию

а как это в отборе указать? ПриОткрытии?

(2) отбор тут не при чем, это способ отображения справочника: Список / Иерархический список / Дерево

А указать можно в ПриОткытии?

в настройке списка любого справочника типового, есть вторая закладка прочее, там можно рулить иерархией при открытии.

Мне в настройках списка не подходит, программно надо, а то в одних случаях надо так, в других по другому.

Что нельзя программно при открытии формы указать - в иерархии выводить или нет?

(7) Кто запретил?