БП 2.0 для этих целей будет достаточно (3 магазина) ? И чем руководствоваться при выборе конфигурации ?

в БП есть возможность конечно.
Есть и 1С:Розница.
Смотря что именно Вам, там нужно.

А вот интересно, в каких случаях используют связку БП + УТ или Розница ?