Создать узел в плане обмена "По организациям". И сформировать начальный образ периферийной базы по выбранной организации - в ней будут данные только по ней. В т.ч. справочники и движения по регистрам, которые на нее завязаны.
Только там при фильтрации действую определенные правила, которые нужно знать. Например, контрагенты переедут только те, у которых есть договор с нужной организацией.
Общие справочники (по типу номенклатуры) переедут полностью.
Полученная база будет "перефирийкой". Чтобы сделать из неё обычную, нужно будет её "отвязать" кодом:
(0) Тупо скопировать и штатной групповой обработкой поудалять все документы ненужных организаций в каждой базе. Контрагенты и номенклатура останутся общие.
Глупец, лишенный способности посмеяться над собой вместе с другими, не сможет долго выносить программирование. Фредерик Брукс-младший