Сотрудник с середины месяца уходит в отпуск.
При начислении зарплаты за первую половину месяца используется вычет на детей (1400 руб)и при начислении отпускных тоже используется вычет
в 1400. Так и должно быть? Или нужно изменить какие то настройки?

Хм, проверил, действительно применяет вычет 2 раза, странно.
Цитата с ИТС про расчет НДФЛ в документах межрасч-х выплат:

"Сумма налога определяется нарастающим итогом с начала налогового периода с учетом ранее начисленных сумм налога, кроме того предоставляются все налоговые вычеты, на которые имеет право сотрудник. Тем не менее, обращаем внимание, что порядок учета доходов и исчисления налога несколько отличается от порядка учета доходов и исчисления налога, применяемых в документе начисления зарплаты. В частности, из  доходов и налогов текущего месяца учитываются только зарегистрированные другими документами "межрасчетных" выплат. "

Есть еще косяк с расчетом НДФЛ в больничном. Сотрудник с правом вычета на ребенка болел в январе , и болеет в феврале.  В середине февраля он приносит больничные на январь и половину февраля . Расчет НДФЛ в нем не учитывает, что есть не примененный вычет за январь. В итоге, потом в расчете ндфл в зп за февраль  это вылезет и образуется излишне удержанный ндфл.

(0) когда будет происходить окончательный расчет в месяце (начисление зп), то движения по НДФЛ сделает этот документ. Первый расчет их не делает, так что двойного применения вычета не будет.

"Несмотря на то, что после расчета внешне документ очень похож на рассчитанный по итогам месяца, движения по регистрам он делает другие. Иначе говоря, в расчетном листке факт расчета и проведения этого документа никак не отразится. Документ делает движения по служебному регистру, информация в котором предназначена для последующего заполнения платежной ведомости на выплату аванса. "
http://www.buh.ru/itemsItem-9502