1С:Предприятие 8.2 (8.2.18.61)
Бухгалтерия предприятия, редакция 2.0 (2.0.46.8)

Организация №1 префикс А
Организация №2 префикс АБ

Записываю новый документ с организацией №1 префикс ставится АБ, меняю организацию в этом документе на организацию №2 номер документа не изменяется.

перенесите в раздел новостей

посмотри документы по орг. А. возможно по ней есть документ с префиксом АБ.

Поменял префиксы
Организация №1 префикс А заменил на Н
Организация №2 префикс АБ

все заработало, как будто проверяется первые буквы в префиксе)