Разобрался.
Итак, если во вкладке Настройки системы компоновки данных ничего нет (все настройки загружаются из хранилища), то как же тогда быть?
Ответ. В режиме 1С Предприятия открываем этот отчет, далее настройка варианта отчета\настройка структуры. Сохраняем эту структуру в xml. Идем в конфигуратор, наш отчет, и загружаем туда эти настройки. Все. Далее добавляем подпись, все как здесь:
v8: Подпись в макете СКД