В КУДИР предпринимателя в БП 8 (таблица 5) заполняются все подряд расходы по зарплате, в том числе возмещаемые ФСС. В настройках проводок по зарплате для налогового учета для ИП есть настройки только "начислено повременно", "Начислено сдельно" и пр, то есть что ни поставить - все попадет. Это косяк программы или они туда и должны все попадать и буху идти читать законодательство?
Независимо от того, куда вы едете — это в гору и против ветра!