Нужно что бы при переходе по внешней ссылке у пользователя в браузере грузилась конфигурация и открывалась форма создания нового документа. Может есть какие грамотные способы такой реализации? а те которые мне на ум приходят не очень красивые.

Есть

(0) а какие на ум приходят?

http://MyServer/MyDatabase#e1cib/data/Документ.Инцинденты?ref=00000000000000000000000000000000

Там как то в параметрах можно зафигачить usr и pwd, 1С анонсировала в каком-то релизе, читайте ман и пребудет с вами сила.

(3) Инженер, окончивший технический ВуЗ и обладающий истинной инженерной жилкой и шилом в опе - дошел бы до такого решения методом тыка. Также, как я сейчас.

(3) то что надо. спасибо.