Есть база данных, в которой есть две организации. По одной организации запрос по регистру накопления Продажи показывает данные, а по другой всегда пустой результат. При просмотре Отчета о движениях документа видны движения. Где обычно устанавливают ограничения? Конфигурация УНФ.

А вы внимательно посмотрите в документе эти движения.
Посмотрите, какая организация там встает.
В демо-базе версии 1.4 на закладке Администрирование - настройка параметров - Настройка - Предприятие - стоит галка "вести учет по компании", видимо дело в ней.

При попытке снять галочку выскакивает сообщение о невозможности это сделать из-за уже существующих документов.

это можно и программно сделать. только я бы сначала отладчиком посмотрела, почему по одной из организаций движения документов не формируюдтся

Движения формируются, но при формировании запроса к этому регистры данные отображаются только по одной организации. Повторюсь, движения формируются по всем организациям, а отчет только по одной.

Универсальный подбор и обработка объектов; в этой обработке в режиме выполнения обмена попробуйте снять реквизит "Вести учет по компании" и посмотреть результаты работы с отчетом. Естественно, на копии

Изменение галочки "Вести учет по компании" не помог. Но я обнаружил то, что просмотрел изначально. При проведении в регистр Продаж прописывается только одна (основная) организация, хотя в документе Расходная накладная указана вторая. Невнимательно просмотрел отчет о движениях документа ))
При формировании запроса добавил отбор по полю Организация в регистраторе и получил то, что хотел. Спасибо всем.