Изменяйте за возможно глупые темы, но я еще только учусь.

РТ1 и РТ2 результаты 2х запросов. Распределяет не всё, и не удаляет те которые >=3. Без удалить() работает нормально. Но далее  РТ2 нужен с учетом удаленных строк.

Для каждого стрТз1 из РТ1 цикл
Для каждого стрТз2 из РТ2 цикл
 док = стрТз2.Документ.получитьобъект();
  Если док.контрагент = стрТз1.Контрагент тогда
   Если стрТз1.КоличествоДок < 3 тогда
    док.Ответственный = стрТз1.Ответственный;
    док.состояние = Перечисления.аааа.бббб;
    док.записать();
                       Сообщить(строка(док.ссылка) + " - распределен - " + строка(стрТз1.Ответственный));
   Иначе
                       Сообщить(строка(док.ссылка) + " - будет распределен - " + строка(стрТз1.Ответственный));
   КонецЕсли;
РТ2.Удлаить(стрТз2);

  КонецЕсли;
 КонецЦикла;
КонецЦикла;

Из результата запроса нельзя Удалить()

Из ТЗ можно?

Из ТЗ можно

если РТ2 = запрос.выпольнить().выгрузить();
он бдует ПТ2 будет ТЗ?

Условие отрабатывает? Если док.контрагент = стрТз1.Контрагент тогда

(5) да отрабатывает

И я бы руки прямые поставил:
РТ2.Удлаить(стрТз2);

Строки к удалению в массив, потом удалить.

+(8) +100.
Или перебирать с конца.

(7) это тут опечатка. В коде нормально

(8) попробую