Процесс system постоянно что-то гоняет со скоростью 2-10 мб/с.
Если включить торрент при этом, то system разгояется до 15-20 мб/c, а через несколько секунд торрент перестаёт качать, т.к. "диск загружен"
В чём может быть причина?

своп, вирусы, дофига всего может быть.. мониторь

на вирусню провериться.
посмотреть, каким процессом диск загружен.

префетчер, индексирование мб

http://goo.gl/GGOqX

(0) Диск давно создан? Бывало ли, что он был заполнен на 90% и более?

ntoskrnl.exe
Ядро

Вирусов нет


(4) Основной вопрос не про торрент)

(5) 2 года. Том без системы бывает заполнен на 90+% процентов, но сразу чищу

(6) Ну тогда надо смотреть фрагментацию - в особо запущенных случаях 100% загрузка диска будет уже при скорости обмена 500-600 кБ/с. Кстати, а какие файлы пишутся/читаются процессом system?

Юзаем поиск
Диск перегружен 100 %

(7) Торрент-клиент , особенно если не ставить галку "Распределять место сразу" изрядно диск фрагментует

(9) Он, как правило, пишет целыми блоками (для крупных торрентов это обычно 2-4-8 Мб), а когда диск забит почти под завязку, то и без торрент-клиента бывает, что на 1 Гб 40-60 тыс. фрагментов... особенно если такое случалось неоднократно + фрагментация MFT добавляет к тормозам.