Ситуация такая: делаю отчет по движению товаров:
1)Выбираю регистр "ОстаткиИОбороты", Периодичность = Авто, МетодДополнения = ДвиженияИГраницыПериода
2)Выбираю ВСЕ поля
3)В макете стоит галочка "Автозаполнение"
4)Указываю ресурсы, Настраиваю группировку по Номенклатуре - Складу
5)Формирую отчет, н/к остатки получаются верные.

6)Добавляю в запросе соединение с др.регистром
7)Формирую отчет, остатки по группировке неверные, тупо суммируются

8)Добавляю в отчет "детальные записи" или группировку по периоду/регистратору
9)Формирую отчет, остатки опять получаются верные.

Никак не пойму чем тут соль?
Пока  только пришла идея всегда формировать отчет с детальными записями, при необходимости удаляя их из табл.документа.