хочу почистить один регистр накопления, как это сделать быстро, и не повлияет на целостность базы? так как регистраторы остаются проведенными.

Удали регистр в конфигураторе. Обнови потом конфигу предварительно сохраненной конфой

(0)  можно делетнуть на сиквеле содержимое пары таблиц

Пробежать по регистраторам и записать пустые наборы записей

(3) так?

Набор = РегистрыНакопления.ПартииТоваровОрганизаций.СоздатьНаборЗаписей();
           Набор.Отбор.Регистратор.Установить(Выборка.Регистратор);
           Набор.Очистить();
           Набор.Записать();

очистить тут не надо