Разницы нет, за исключением удобства использования: В запросах и СКД, например, можно будет указывать ЗНАЧЕНИЕ(предопределённое субконто) вместо условий по коду и т. д..
или если правильнее выразиться в базе есть проводки по непредопределённым счетам, задача - перенести на предопределённые, субконто можно перенести програмно назначив в предприятии, не вылезет ли это боком?