В вызывающем обработку документе, есть реквизит "ХранилищеЗначений". Именно в нём должна храниться таблица значений, полученная в результате открытия обработки из самого этого документа?
Код открытия обработки:
   Обработка = ВнешниеОбработки.ПолучитьФорму("РаботаСДеревом.epf");
   Обработка.ВидДокумента="ЗаказПокупателя";
   Обработка.Открыть();

после того, как обработка отработала и пользователь нажал "Сформировать" в вызываемой обработке, она закрывается, а нам нужно в вызывающем документе получить доступ к таблице значений, которая сформировалась в результате нажатия на кнопку "Сформировать".

Как вариант, нужно создать реквизит в обработке типа "ТаблицаЗначений" и после закрытия, в вызывавющем  документе обращаться по имени к реквизиту "ТаблицаЗначений" ?

Нужно в обработку передать документ.

Типа
Обработка.ДокументОбъект=ЭтотОбъект;

(2)а потом прям в обработке заполнять поля документа?

Ну или в обработке выполнить метод "ОповеститьОВыборе()" а документе уже обрабатывать событие обработкаВыбора()