есть запрос
   |    (ВЫБОР
   |        КОГДА ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток < 0
   |            ТОГДА ИсточникДанных.КоличествоКонечныйОстаток + ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток
   |        ИНАЧЕ ВЫБОР
   |                КОГДА ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток > 0
   |                    ТОГДА ИсточникДанных.КоличествоКонечныйОстаток - ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток
   |                ИНАЧЕ ВЫБОР
   |                        КОГДА ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток = 0
   |                            ТОГДА ИсточникДанных.КоличествоКонечныйОстаток
   |                    КОНЕЦ
   |            КОНЕЦ
   |    КОНЕЦ)КАК КонечныйОстаток,
В результате в отчете когда ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток = 0 а остаток ИсточникДанных.КоличествоКонечныйОстаток > 0 то КонечныйОстаток почему-то пустой

Null ?

КОГДА ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток = Null
так?

без изменений

КОГДА ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток = Null

В ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки может быть что угодно, хоть выборка из справочника с реквизитом составного типа.

Книга знаний: v8: Значения NULL

так прокатило
КОГДА ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток ЕСТЬ NULL

(6) Ты почти познал ИСТИНА.

лучше так
КОГДА ЕСТЬNULL(ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток, 0)=0
хотя, с хотелками заказчика типа ХочуРезервироватьВМинус - все эти телодвижения, в конечном счете, слвершенно безполезны