как в 1с УТ ограничить скидку только по одному складу в % отношении?

(0) ну во первых скидка на склад в УТ устанавливается только при розничной торговле

Ограничить скидку - это что значит? Чтобы скидка не превышала заданный процент от цены? Тогда штатно - никак (ограничение по сумме - можно)