Забавно получилось, "затроились" РС, ПодпискаНаСобытие и ОбщийМодуль.
Выгрузка+Загрузка результатов не дала, посторное обновление из того-же файла  позволило удалить лишние Подписки и ОбщиеМодули, а вот с РС - бедулька, при сравнении 3 одинаковых РС-а в текущей считаются равными одному в файле и как их удалить я не знаю
прверка chdbfl.exe - ошибок не выявляет

зы: бекап есть, просто интересно  :)

(0) У тебя мышь не а4-тэчка с "кнопкой тройного нажатия" случайно?

(1) нет, старенький гениус, нажимал в ТимВьюере, при этом на удаленном компе тормоза просто жуткие были
кроме того, уже после - удаленный пользователь жаловался на утреннюю пропажу данных (не 1с)
я посоветовал пока погонять вируса :)

кстати, сейчас попробовал не "объеденить конфигурацию из файла", а "загрузить..." - все получилось на ура, правда ходят слухи что так делать не айс... :)

(3) ну если тебе не важны данные и идентификаторы, можешь жать загрузить из файла

(3) ну или конфа типовая

(4) бекап есть, мне просто интересно как выходить из такой ситуации и что  это вообще было???

криво обновлял, вот и затроились, внутренние идентификаторы разные у объектов.
"3 одинаковых РС-а в текущей считаются равными одному в файле и как их удалить я не знаю"
берешь и удаляешь, в чем проблема?

(7) при попытке открытия ветки РегистныСведений - мертвый зависон

+8 ка было и до удаления Подписок и Общих. Их я удалил при объединении с конфой из файла