Собственно вопрос скорее бухгалтерский, чем программный.

Компания в отчетном периоде купила 100 единиц товара с НДС за 1 180 000.
В этом же периоде она продала 10 единиц за 236 000 (в т.ч. НДС 36 000) оптом и 10 единиц за 236 000 в розницу.
на 68 счете из 180 000 входного НДС - 18 000 восстановлено (списано) на счет 90.02.2.
По факту продажи начислено 36 000 к уплате в кредит 68.2.
Итого сальдо на 68.2 - 126 000 к возмещению.

Однако, ФНС считает, что необходимо распределить входной НДС пропорционально выручке и списать в деятельность, облагаемую ЕНВД половину входного НДС - то есть 90 000. Соответственно уменьшить сумму к возмещению до 54 000.

Собственно вопрос - кто сталкивался с подобной ситуацией - к каким нормативным документам можно апеллировать дабы отстоять правильность используемой 1С методики?

По делу вроде говорят,если у вас часть деятельности подпадает под енвд.Другое дело может быть разная позиция по % отнесения к особому режиму налогообложения

ИТС в зубы и читать читать читать.

Собственно ст 170 НК РФ тебе в помощь

(3) Насколько я понимаю п.4 ст 170 - это оно?
И магические слова "Ведение раздельного учета" и "Учетная политика"? Поскольку пропорция используется в случаях, когда раздельного учета нет или его нельзя вести.

В 1С ведется полностью раздельный учет операций, облагаемых НДС и без оного. Делить какими то пропорциями в случае раздельного учета НК нас не обязывает - только при невозможности ведения учета (например, по полученным услугам связи)