Какая-то загадочная ерунда получается. Вот кусок регистра "Расчеты с бюджетом по сотрудникам организации"
Дата/Месяц налог. периода
11.01.2013 9:03:57 3941
Декабрь 2012
10.07.2013 12:00:13 3941
Декабрь 2012
10.07.2013 12:00:13 -3941
Декабрь 2012
12.07.2013 9:13:37 3941
Декабрь 2012
11 января платежкой учтен налог за декабрь. А платежка в июле делает строки 3941 и -3941. Следующая платежка - опять 3941 (уже без сторно).
Версия - 1.3.41.1
Посмотри в документе "Начисление зарплаты..." на закладке НДФЛ - там нет пересчета предыдущих месяцев? Такие "глюки" могут бухие юзверы провоцировать, нарушая порядок заполнения и проведения документов.
(3) Нет, начисление НДФЛ правильное. Проблемы идут с перечислением. Посмотрел в конфигураторе - сальдо считается на 1 января без учета перечислений за декабрь в январе