Например, если поле КонечныйОстаток = 0 Тогда не выводить иначе выводить

да.
я так делаю часто. и проверить это просто, без Мисты даже.

(1) он разрешения спрашивает

(1) Каким образом?)

(3) <> 0

having

(4) Динамически?

(6) Я руками делаю. Но и в коде тоже можно.

(7) Через условное оформление?

(8)нет, через настройки. на закладке Настройки выделяешь нужную группировку, между верхним и нижним полями есть слово Настройки: и выбор между настройками отчета и настройками данной группировки - жми на группировку, затем в нижнем поле переходи на закладку Отбор и накладывай свои фильтры