Вроде как уже намылились подключаться к 1С:ЭД и тут главбуха посетила мысль:"А не будет ли налоговая видеть мою книгу продаж раньше чем я сама?".
Т.е. если раньше, например, она, видя что НДС выходит к возмещению, просто снимала галочку и делала поступление неотфактурованным и не брала НДС к возмещению, то что будет с ЭД?
Среди перечня документов "Соглашения о конфиденциальности" я не вижу..

У вас что 100% документов и входящих и исходящих через ЭД проходят? Как связана книга продаж и ПТиУ? Ну даже если и будут видеть вашу книгу продаж, чем это помешает сделать поступление неотфактурованным?
Да и нафиг не нужно налоговой в режиме реалтайм мониторить ваше НДС (ИМХО).