Весь механизм занимает более 3 минут;
1. запросом получаем переплаты по контрагенту

//Получим таблицу переплат
    Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.Текст =
    "ВЫБРАТЬ
    |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.Организация,
    |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.Контрагент,
    |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.ДоговорКонтрагента КАК Договор,
    |    РеализацияТоваровУслуг.ТорговаяТочка КАК ТорговаяТочка,
    |    РеализацияТоваровУслуг.ТорговыйПредставитель КАК ТорговыйПредставитель,
    |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.ДокументРасчетовСКонтрагентом КАК ДокументРасчетов,
    |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.ДокументРасчетовСКонтрагентом.Дата КАК ДатаДокументаРасчетов,
    |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.ВидРасчетовСКонтрагентом КАК ВидРасчетов,
    |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.СуммаВзаиморасчетовОстаток КАК Сумма,
    |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.Сделка,
    |    РеализацияТоваровУслуг.КомандаТорговогоПредставителя КАК КомандаТорговогоПредставителя,
    |    ЕСТЬNULL(РеализацияТоваровУслуг.Форма2, ИСТИНА) КАК Форма2,
    |    РеализацияТоваровУслуг.Ссылка КАК Реализация
    |ИЗ
    |    РегистрНакопления.ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.Остатки(, ДоговорКонтрагента.ВидДоговора = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ВидыДоговоровКонтрагентов.СПоставщиком)) КАК ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки
    |        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.РеализацияТоваровУслуг КАК РеализацияТоваровУслуг
    |        ПО ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.Контрагент = РеализацияТоваровУслуг.Контрагент
    |            И (НАЧАЛОПЕРИОДА(ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.ДокументРасчетовСКонтрагентом.Дата, ГОД) = НАЧАЛОПЕРИОДА(РеализацияТоваровУслуг.Дата, ГОД))
    |            И (РеализацияТоваровУслуг.Номер ПОДОБНО ""%0"" + ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.ДокументРасчетовСКонтрагентом.НомерВходящегоДокумента)
    |ГДЕ
    |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.СуммаВзаиморасчетовОстаток < 0
    |    И ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.ДокументРасчетовСКонтрагентом ССЫЛКА Документ.ПоступлениеТоваровУслуг
    |    И ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетовОстатки.ДокументРасчетовСКонтрагентом.СкладОрдер = &СкладОрдер
    |
    |УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    |    ДатаДокументаРасчетов";
    Запрос.УстановитьПараметр("СкладОрдер",ВыбСклад);
    ТаблицаПереплат = Запрос.Выполнить().Выгрузить();

2. А вот здесь меня картина немного шокировала, циклом перебирается полученная ТЗ "ТаблицаПереплат" и ищется таблица долгов
ТаблицаДолгов = ПолучитьТаблицуРН(СтрокаТЗ.ДокументПереплаты,СтрокаТЗ.ТорговаяТочка);
        Если ТаблицаДолгов = Неопределено Тогда
            Продолжить;
        КонецЕсли;
        СтрокаРегистратора = ТаблицаДолгов.Найти(СтрокаТаблицыПереплат.Реализация,"Регистратор"); И тд.

А вот и сама функция ПолучитьТаблицуРН:

Функция ПолучитьТаблицуРН(ПриходныйДокумент,ТорговаяТочка)
    
    ТекстЗапроса = "ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
                   |    ПоступлениеТоваровУслугТовары.Номенклатура КАК Номенклатура
                   |ИЗ
                   |    Документ.ПоступлениеТоваровУслуг.Товары КАК ПоступлениеТоваровУслугТовары
                   |ГДЕ
                   |    ПоступлениеТоваровУслугТовары.Ссылка.Ссылка = &Ссылка";
    Запрос = Новый Запрос(ТекстЗапроса);
    Запрос.УстановитьПараметр("Ссылка",ПриходныйДокумент);
    Результат = Запрос.Выполнить();
    Если Результат.Пустой() Тогда
        Возврат Неопределено;
    Иначе
        СписокТары = Результат.Выгрузить().ВыгрузитьКолонку("Номенклатура");
    КонецЕсли;
    
    
    ТекстЗапроса = "ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
                   |    РеализацияТоваровУслугТовары.Ссылка КАК Ссылка
                   |ИЗ
                   |    Документ.РеализацияТоваровУслуг.Товары КАК РеализацияТоваровУслугТовары
                   |ГДЕ
                   |    РеализацияТоваровУслугТовары.Ссылка.ТорговаяТочка = &ТорговаяТочка
                   |    И РеализацияТоваровУслугТовары.Ссылка.Дата <= &Дата
                   |    И РеализацияТоваровУслугТовары.Ссылка.Проведен
                   |    И РеализацияТоваровУслугТовары.Номенклатура.ВидУпаковки.Тара В (&СписокТары)
                   |
                   |УПОРЯДОЧИТЬ ПО
                   |    РеализацияТоваровУслугТовары.Ссылка.Дата УБЫВ";    
    Запрос = Новый Запрос(ТекстЗапроса);
    Запрос.УстановитьПараметр("Дата",КонецДня(ПриходныйДокумент.Дата));
    Запрос.УстановитьПараметр("ТорговаяТочка",ТорговаяТочка);
    Запрос.УстановитьПараметр("СписокТары",СписокТары);
    тз = Запрос.Выполнить().Выгрузить();
    
    ТекстЗапроса = "ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.Период КАК Период,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.Регистратор,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.НомерСтроки,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.Активность,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.ВидДвижения,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.ДоговорКонтрагента КАК Договор,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.Сделка,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.ДокументРасчетовСКонтрагентом,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.ВидРасчетовСКонтрагентом,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.Организация,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.Контрагент,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.СуммаВзаиморасчетов,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.ДокументРасчетовСКонтрагентом.КомандаТорговогоПредставителя КАК КомандаТорговогоПредставителя,
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.ДокументРасчетовСКонтрагентом.ТорговыйПредставитель КАК ТорговыйПредставитель
                   |ИЗ
                   |    РегистрНакопления.ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов КАК ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов
                   |ГДЕ
                   |    ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоДокументамРасчетов.Регистратор В(&СписокРН)
                   |
                   |УПОРЯДОЧИТЬ ПО
                   |    Период УБЫВ";
    Запрос.Текст = ТекстЗапроса;              
    Запрос.УстановитьПараметр("СписокРН",тз.ВыгрузитьКолонку("Ссылка"));
    Возврат Запрос.Выполнить().Выгрузить();
КонецФункции

+(0) 1. Думал выгрузить отдельно колонки параметров в массив;
     2. Функцию ПолучитьТаблицуРН вызывать перед циклом и по полученной тз искать строки

Тысяча запросов с кривой обработкой результата... Ты давай задачу опиши лучше...
В любом случае, нужно стараться решить всё одним запросом.

(2) Долго описывать, очень долго)

(3) То есть, описывать задачу ты не хочешь, но хочешь, чтобы народ прочитал твою портянку, сам разобрался что к чему и переделал всё за тебя? Ну что, похвально, настоящий адинэсник...

берешь типовой отчет взаиморасчетов и куришь его долго