Сотруднику в течение нескольких месяцев ошибочно переплачивали зарплату, соответственно больше было начислено и налогов. Теперь идет начисление с минусом (чтобы в расчетке видно было).
Как-то можно сделать чтобы это начисление уменьшало страховые взносы?

Если это начисление с минусом, то оно уменьшит страховые взносы. Если это удержание, то нет.

(1) это начисление, попадает в налогооблагаемую базу с минусом (графа в отчете анализ нач нал и взносов), однако страховые взносы на него минусом не начисляются (может не так что настроено)

все нормально, спасибо. Видимо пересчитать забыли страх взносы.