Написал в ут 10.3 новый документ, в табличной части которого заполняется сырье, как мне сделать (при проведении)  расход со склада сырья? Может не очень понятно написал, ну как то так.

прописать движения по регистрам

это я понял, как

Как потом твой документ при обмене с программой бух учета будет проводки делать надо предусмотреть. Сделай списание товара со склада и посмотри какие движения сделает документ списания, сделай такие же.