конфигурация БП 2.0 при загрузке выписок через типовую обработку клиент банк документ Списание с расчетного счета не видит Платежное поручение, соответственно не проставляется флажок оплаты. Как происходит привязка выписки к платежному поручению? Не могу найти в коде.

через банковские счета, не?

не, там как то по номеру и дате вроде но в коде не нашел...
кстати релиз 2.0.47.5

У меня всегда видит.

У меня тоже видел, но до какого то момента)

...так посмори, что делали (и делают) при входной обработки выписки