Подскажите плз, если в центральную базу приходят изменения из периферийной, то в ЦБ этот объект будет помечен как изменённый или нет?

нет

где помечен?

(1) ? Как то однозначно...)

он может зарегистрироваться как измененный для других ПБ узлов (зависит от плана обмена и правил регистрации)

Прикольно. Это ж бесконечная переписка была бы.

В общем, ситуация такая: в конфу добавлен план обмена. И есть план обмена, стандартный. Когда из переферийки приходят изменения по стандартному плану обмена, эти объекты в добавленном плане отрезаться или как?

(6) зависит от настроек того (добавленного) плана обмена. в случае авторегистрации - то да, эти изменения зарегистрируются для соответствующих узлов этого плана обмена

правильно писать "прЕвратности"...
http://www.gramota.ru/slovari/dic/?lop=x&bts=x&zar=x&ag=x&ab=x&sin=x&lv=x&az=x&pe=x&word=%EF%F0%E5%E2%F0%E0%F2%ED%EE%F1%F2%FC

(7) В добавленном плане обмена по всем объектам стоит Авторегистрация "Разрешить". Значит, по идее, пришедшие изменения должны в нем метиться как изменения, я правильно понимаю? Или надо еще смотреть настройки стандартного плана счетов.