В конвертации данных, в ПКО есть галочка "Выгружать объект (полностью), только при наличии на него ссылки".

Как влияет данная галка?

Нашел в справке следующее:
On-line обмен

Выгружать объект (полностью), только при наличии на него ссылки - настройка определяет при каких обстоятельствах необходимо выгружать объект. В том случае, если флажок установлен, то выгрузка объекта будет выполнена по следующим правилам:

1. По правилам выгрузки если объект уже выгружался, то выгружаем его как есть
2. По правилам выгрузки если объект не выгружался, то не выгружаем
3. При выгрузке по ссылке на объект выгружаем целиком

Например, если нужно переносить не всю номенклатуру из одной ИБ в другую, а только ту, на которую есть ссылки, то флажок подойдет.

У меня регистрируется контрагент в узле.
А после обмена в базе приемник он не создается.
Галка "Не создавать новый объект в приемнике если он НЕ найден" не стоит!