Как такое может быть расхождение между счет фактурой и книгой продаж, допустим в книге продаж отображается одна сумма раскрываем счет фактуру по которой сделана запись в книге в ней другая сумма, разница в копейки, но все равно, в какую сторону копать?

(0) БП какая?
В сторону регистров НДСПродажи, НДСНачисленный.

(1) 1.6.10.6

Надо же, я угадал.

Причем делаю оборот по регистру в консоле суммы выдает такие же как в книге продаж а вот в счет фактуре другие суммы отклонение в копейки.

(4) Ты еще не вкурил, что записи в регистры пишет не счет-фактура? И из регистра можно в регистратор попасть.

(5) ну да запись реализация товаров и услуг в ней такие же суммы как в счет фактуре может перепровести ее попробовать, есть подозрение, что что-то в ручную могли подбивать.

(5) как я предполагаю, что запись в регистре идет проводками, а счет фактура печатается из табличного поля документа?

(7) Ого. Вот выдал))) Все смешал. Неверно предполагаешь.
Если в учетной политике не "Упрощенные учет НДС" то смотри в документ "Формирование записей книги продаж". А еще его можно перезаполнить.

(8) Нашел документ из которого выгрузилась это поступление он на такую же сумма так почему сумма в проводках не совпадает с суммой в документе, видимо по позициям придется смотреть.

(9) может у программистов спросить, наверно же они переписывали там. Ведь БП 1.6.10.6 - это ведь за 2006-й год. Там книги по-другому заполнялись.