При заполнении документа Установка цен номенклатуры (тип цен закупочная) - Заполнить по Поступлению, цена устанавливается без учета НДС.
Подскажите в чем может быть проблема? (В документе Поступление товаров и услуг должен  установлен флажек "Регистрировать цены поставщика")

(0) ну если под проблемой понимать код УТ, то проблема в коде

(1) а можно поподробней, если вам не трудно