Что-то уже совсем запутался. Есть колонки в таблице значений, у колонок есть описание типов.
Например есть колонка с номенклатурой, как мне получить "СправочникСсылка.Номенклатура"? Мне этот тип нужно записать именно в таком виде в XML.
Максимум что получилось сделать это использовать такие методы "Метаданные.НайтиПоТипу(Колонка.ТипЗначения.Типы()[0])" но в итоге я получаю "Справочник.Номенклатура" и при загрузке не получается узнать в такой именно таблице искать ссылку.

Каким образом можно получить значение типа "СправочникСсылка.Номенклатура" из колонки таблицы значения?

Переводчик, в зале есть переводчик?
значение типа "СправочникСсылка.Номенклатура" - это что, строка, тип, объект метаданных, ссылка, еще что-то, чему пока не придумано названия и статьи в УК?

сделай проще, если получил  "Справочник.Номенклатура" то до "СправочникСсылка.Номенклатура" всего чуть-чуть
Заменить("Справочник.Номенклатура","СправочникСсылка"), потому что такого строкового значения ни одна функция не выдает. Ну я  не встречал такого

СправочникССылка.Номенклатура - выдаст. но не для колонки а для значения... и не СпавочникСсылка, а CatalogRef, но этого достаточно для обратного преобразования
XMLТипЗнч(Справочники.Налоги.ЕСВФОТГПХ).ИмяТипа

(3) вот в том-то и беда, всеравно замену делать

2(4) В чем беда? не надо делать замены.
Как раз CatalogRef - это то, что нужно, чтобы потом из строки получить значение