После переноса из ТиС в УТ не перешлись начальные остатки по складам. Или может я не там смотрю, где создаются документы вводящие остатки товаров на склад, если не в складских актах через оприходование?

(0) Смотреть надо по отчетам

по типовому вроде через оприходования должны переносится

Поищи непроведенные документы с остатками.

А может ничего и не должно было перенестись?

Остатки в ТиС есть, ТиС и УТ оба типовые базы, используется типовой помощник перехода из ТиС в УТ

(5) Обрати внимание на (3)

Все документы ввода начальных остатков проведены. Еще там отсутствует документ ввода собственных товаров, он обязателен?

Эээ... каких товаров?

В документах ввода начальных остатков, есть раздел товары-собственные товары, и там пусто, документа такого типа не создалось, не в этом ли проблема?