Может это быть при переносе номенклатуры из одной папки в другую?

(0) Если стоит поиск по родителю, да

А если отключить поиск по родителю, будет переносить новые в корневой каталог?

(2) нет

(3) А куда будет записывать новые товарные позиции?

(4) в ту группу где оно лежало, если родитель переносится

т.е. даже если нет поиска по родителю, то новый элемент из торговли будет перенесет с учетом иерархии?

(6) Да, если поиск по гуиду не отключен!
А что задваивается, в БП создают свою номенклатуру?