Ограничил чтение элементов справочника (Чтение), при формировании отчета формируются записи (Объек не найден), как убрать эти записи. На регистр так же наложил правила, при просмотре все ок, но в отчет все равно выводит.

Смотри запрос отчета, оттуда ноги растут.

"Выбрать Разрешенные..."

отчет работает через универсальный по регистру накопления

стоп нет.
Ты ограничил чтение только справочника. надо во все места, где есть ссылки добавлять ограничение

Иначе запись регистра получена, а поле прочитать низя

(4) спасибо! действительно, упустил один регистр