Как могла так получиться в ЦБ есть доки в ПБ нет. после перепроведения в ЦБ, после обмена появляются в ПБ

если с доками перепровел все прошло
справочники которые были помечены на удалени, групповой снял/потил все прошло в ПБ
то с характеристиками не ясно как их по новой "обновить" в ЦБ не ясно

2 дня назад делал копии ЦБ и ПБ, в тот же день вернулся на копии. может сообщения обмена остались?

правильно, если проводишь документ, он попадает в обмен.