Групповая обработка справочников и документов такой возможности не даёт. Видимо не у всех документов в конфигурации есть Организация.

пройтись по метаданным, поискать в реквизитах

В семёрке можно было создать объект Документ и пройтись по всем. А в восьмёрке есть подобное?

(2) нет

(0) А зачем тебе это?

Может СП поможет?
НайтиПоСсылкам

НайтиПоСсылкам()

Для Каждого Менеджер Из Документы Цикл
    Мета=Менеджер.Пустаяссылка().Метаданные();
    Если Мета.Реквизиты.Найти("Организация")<>Неопределено Тогда
      Сообщить("Наш клиент "+Мета. Имя);
    КонецЕсли;
КонецЦикла;

//дальше запрос по виду доков с фильтром по организации

(4) Почистить базу нужно. Пометить на удаление все документы по организации.

(7) прикольно. Надо попробовать.

(9) лучше использовать (7) для простановки галочек в "Групповая обработка справочников и документов"

(10)+ но лучше частями удалять. ПО одному виду документов и за период: месяц или квартал, например.

Например, сначала касса, банк, потом реализации, поступления, счета.

Если всё вместе запустить, как вы хотите, Там несколько дней может обработка работать.