Есть "Доплата за совмещение (суммой)"
Порядок расчёта "Суммой, пропорционально отработанным дням".
База расчёта не установлена (т.е. проставлены автоматически три вида окладов, не убираются).
Вид расчёта "Произвольная доплата 01".

Также есть "Ежемесячная премия (процентом от базы)".
Порядок расчёта "Процентом от базы".
В базе расчёта, в частности, есть "Доплата за совмещение (суммой)".
Вид расчёта "Произвольная доплата 13".

Но при первичном расчёте (например, "Рассчитать объект") "Ежемесячная премия" считается после "Доплата за совмещение (суммой)", из-за чего сумма "Доплата за совмещение (суммой)" не учитывается.
При повторном расчёте, конечно, эта сумма учитывается, но надо всё время помнить, что в два прохода считать надо.

Что делать?

ну... наверно в процедуре глВыполнитьПроизвольныйРасчет
надо вставить проверку... типа если рассчитывается "Ежемесячная премия", то сначала рассчитать "Доплата за совмещение (суммой)"

(0) У Произвольных доплат приоритет одинаковый. Изменить можно только в Конфигураторе.

(2) Приоритет одинаковый - это значит они одновременно параллельно считаются или в произвольном порядке?

(3) Кто первый попадет.