Переношу документы из одной базы в другую вместе с движениями с помощью конфигурации Конвертация данных, редакция 2.1 (2.1.7.1). Выгрузку / загрузку произвожу через файловый ресурс обработкой УниверсальныйОбменДаннымиXML.

Не нашел, где можно указать ?

Движения.Записывать = Истина;

Иначе для документов, у которых свойство "Запись движений" при проведении установлено в "Записывать выбранные" загружаются без движений.