Хотелось бы взять за стандарт разработки сложных отчетов в фирме, где работаю, какой-нибудь движок. Напрашивается шаблон "Универсальный отчет", но он морально устарел и не столь гибок, однако обладает по сравнению с СКД рядом приемуществ: Более удобный для пользователя интерфейс, возможность получать данные в разрезе свойств и категорий.
Но разработка под него менее интересная - требует кодинга.

СКД удобна тем, что она позволяет очень легко разрабатывать очень сложные отчеты и подключать вычисляемые поля и внешние источники данных. Есть шаблоны "Типовой отчет" и "Произвольные отчеты из УПП" - надстройка над СКД.

Ещё есть СКД в режиме УФ.

просто не хочется прогадать и нужно выбрать за основу что то одно. Посоветуйте что выбрать?

Приходилось писать несколько отчетов на прямых запросах - и тут пригодился  функционал подсистемы "Произвольные отчеты" (механизм получения данных через внешнюю обработку).