ограничил пользователей на просмотр данных по регистру, т.е.

наложил права на чтение с условием, что в одном из измерений установлена галка, условие вида:

Регистр ГДЕ НЕ Регистр.Измерение.Блокировать (Булево)

чтение ограничил, но при перепроведении документа происходит удаление записей регистра, и появляется ошибка доступа, при этом поле Блокировать в ЛОЖЬ, что за?

Вы как-то странно хотите ограничить: читать не давать, но писать - пожалуйста.
Нестыковочка

ограничил на чтение, чтобы в отчетах убрать и т.д., документы создаются, где галка блокировать не стоит, проводятся, все ок, но при изменении данных, при которых происходит запись в этот регистр появл. ошибки

а именно, галка упр. учета

пользователь провел документ с галкой упр. уч., сформировались движения, после галку снимает, проводит повторно, происходит ошибка, в коде видно что идет запись в регистр, где условие на чтение

RLS обычно закрывает право просмотра/редактирования - т.е. пользователь не может увидеть в отчетах и через открытие формы списка регистра, чтение при этом разрешено.

на просмотр/редактирование нельзя наложить условие

активны только на изменение и чтение

(5) Это что-то новенькое :)

Так, утверждение в (1) верно?

А что не так? Нельзя читать значит и писать тоже нельзя
При проведении транзакция не завершается вот и последствия,
а если условие после где ИСТИНА то тогда запишет...
Скорее всего где-то по пути проведения выполняется запрос без
указания ВЫБРАТЬ РАЗРЕШЕННЫЕ из-за этого ты видишь сообщение об ошибке

Вот тебе проверочный тест: попробуй в настройках любой роли без всяких RLS поставить галочку "Изменение" и снять при этом галочку "Чтение".
А если уж так хочется писать не читая, то заводи общий модуль, ставь галочку "Привелигерованны" и пиши движения в нем.

спасибо за помощь, решение в изменение условия проверки:
Регистр ГДЕ НЕ естьnull(Регистр.Измерение.Блокировать, ложь)